Redan 1180 byggde Vilhelm III av Montpellier den medicinska fakulteten, den äldsta i landet; stadens universitet byggdes 1220 och blev snabbt ett av de viktigaste i landet. Montpellier fick tidigt rykte om sig att vara ett centrum för lärdom. Under de århundraden som följde stod Montpellier inför många utmaningar. På 1300-talet drabbades staden av pest och efter att Provence återförenades med Frankrike 1481 förlorade Montpellier mark till Marseille, som snabbt tog över merparten av handeln med Orienten. Under reformationen på 1600-talet blev Montpellier ett fäste för de franska protestanterna, hugenotterna. Efter 8 månader av hårda strider intog den franske kungen Ludvig XIII staden 1622, varefter han byggde la Citadelle de Montpellier för att skydda staden från ytterligare oroligheter. Ludvig XIV gjorde Montpellier till administrativ huvudstad i Bas-Languedoc, varefter ett omfattande stadsförsköningsprogram inleddes med byggandet av Promenade du Peyrou, l'Esplanade och ett stort antal byggnader i det historiska distriktet. Efter den franska revolutionen blev Montpellier huvudstad i departementet Hérault.

Montpellier är än idag främst känt för sitt universitet, som är ett av de viktigaste i landet. Själva staden Montpellier är en fascinerande kombination av gammalt och nytt. Den mycket intressanta medeltida stadsdelen Centre historique bjuder på små, smala gator, vackra torg och medeltida byggnader samt ett stort utbud av matställen och lyxrestauranger. Förutom gamla stan är Montpelliers främsta attraktion, som invånarna med rätta är stolta över, Promenade de Peyrou, en storskalig park med en 1700-talsgård och en vacker fontän. Strax intill ligger triumfbågen från 1600-talet, Porte de Peyrou. Andra sevärdheter är konstmuseet Musée Fabre, där de italienska, flamländska och franska målarskolorna är rikt representerade.